Siirtolaisuusinstituutin hallitus ja hallintoneuvosto asettavat toiminnan yleiset linjaukset. Hallitus tekee myös päätökset myönnettävistä apurahoista. Instituutin jäsenyhteisöjen joukossa on suomalaisia yliopistoja, ministeriöitä, muita julkisyhteisöjä sekä joukko kansalaisjärjestöjä. Kaikkiaan säätiössä on 30 taustayhteisöä. Säätiön toiminnassa noudatetaan Siirtolaisuusinstituutin lähipiiriohjetta (pdf).
Siirtolaisuusinstituutin toimintaa johtaa toimitusjohtaja. Instituutin tutkimus- ja tietopalvelutoiminnasta vastaa tutkimusjohtaja ja tukipalveluista hallintojohtaja. Toimitusjohtajan lisäksi instituutissa työskentelee seitsemän henkilöä vakituisessa työsuhteessa ja 10–15 erilaisissa määräaikaisissa tehtävissä.
Hallitus
- Omistajaohjausjohtaja Jarkko Virtanen, puheenjohtaja (Turun kaupunki)
- Apulaisprofessori Elina Kilpi-Jakonen, varapuheenjohtaja (Turun yliopisto)
- Professori Sari Pöyhönen (Jyväskylän yliopisto)
- Dosentti Peter Ehrström (Åbo Akademi)
- Koordinaattori, EMN Suomen johtaja Rafael Bärlund (Sisäministeriö, Maahanmuuttovirasto)
- Kehittämispäällikkö Sami Mäntymäki (Seinäjoen Kaupunki)
- Vanhempi yliopistonlehtori Tiina Airaksinen (Helsingin yliopisto)
- Dosentti, yliopistonlehtori Seija Jalagin (Oulun yliopisto)
- Aluekehitysjohtaja Tarja Nuotio (Varsinais-Suomen Liitto)
- Hankepäällikkö Gunta Ahlfors (Väestöliitto)
Hallintoneuvosto
- Puheenjohtaja: Professori Riitta Pyykkö (Turun yliopisto)
- Varapuheenjohtaja: Professori Holger Weiss (Åbo Akademi)
Ministeriöt
- Työ- ja elinkeinoministeriö: Johtava asiantuntija Minna Säävälä
- Ulkoasiainministeriö: Erikoistutkija Kaisa Oksanen
- Opetusministeriö: Ei edustajaa toistaiseksi
- Sosiaali- ja terveysministeriö: Ei edustajaa toistaiseksi
Julkiset yhteisöt
- Kirkkohallitus/Suomen Merimieskirkko: Pääsihteeri Hannu Suihkonen
- Seinäjoen kaupunki: Toimialajohtaja Heikki Vierula
- Suomen Kuntaliitto: Kehittämispäällikkö Annukka Mäkinen
- Turun kaupunki: Tutkija Meri Vuohu
- Maahanmuuttovirasto: Maatietopäällikkö Mikko Nyman
- Varsinais-Suomen Liitto: Kehittämispäällikkö Salla-Maria Lauttamäki
Korkeakoulut
- Helsingin yliopisto: Professori Inga Jasinskaja-Lahti
- Itä-Suomen yliopisto: Professori Pekka Suutari
- Jyväskylän yliopisto: Professori Jari Ojala
- Lapin yliopisto: Professori Aini Linjakumpu
- Oulun yliopisto: Professori Jarkko Saarinen
- Tampereen yliopisto: Professori Laura Huttunen
- Turun yliopisto: Vararehtori Riitta Pyykkö
- Vaasan yliopisto: Apulaisprofessori Johanna Hautala
- Åbo Akademi: Professor Holger Weiss
Kansalaisjärjestöt ja -yhteisöt
- Mannerheimin Lastensuojeluliitto: Kaupunginarkkitehti Jarmo Heimo
- Pohjola-Norden r.y.: Turun Pohjola Nordenin puheenjohtaja Sami Heinonen
- Suomalaisuuden Liitto: Ekonomi Johannes Mäkilä
- Suomen Nuorisoseurat ry: FM Ragni Reichardt
- Suomen Väestötieteen Yhdistys r.y.: Dosentti Ismo Söderling
- Suomi-Amerikka Yhdistysten Liitto r.y.: Toiminnanjohtaja Lena Grenat
- Suomi-Australia -yhdistysten liitto: Ihmisoikeusjuristi Liisa Kiianlinna
- Suomi-Seura r.y.: Professori Jarmo Virmavirta
- Svenska Finlands Folkting: Universitetslektor Mika Helander
- Svenska Litteratursällskapet i Finland: Professor Nils-Erik Villstrand
- Turun yliopistosäätiö: Professori Keijo Virtanen
- Väestöliitto: Tutkimusprofessori Osmo Kontula
Ruotsissa olevat
- Ruotsinsuomalaisten Keskusliitto: Hallituksen puheenjohtaja Pirkko Karjalainen
Olemme Säätiöt ja rahastot ry:n jäsen ja noudatamme Hyvää säätiötapaa.